Збройний виступ гетьмана Івана Мазепи проти московського царя Петра І й перехід частини козацької старшини на бік Шведського королівства – російського суперника у Північній війні (1700-1721), дав зрозуміти, що автономія Гетьманщини несе загрозу російському пануванню на українських землях. Російський уряд вдався до низки заходів по зруйнуванню правових засад української державності, одним з яких стало позбавлення козацтва права вибору і призначення полково-сотенної старшини. Так, у 1715 р. до гетьманської резиденції у Глухові надійшла царська грамота про нову систему призначення полкової старшини. Самі вибори скасовувалися, що підривало ключові основи існування козацької адміністрації, заснованої на верховенстві рішень генеральних і старшинських рад. До функцій козацьких рад належав лише відбір двох або трьох кандидатів, одного з яких гетьман, за погодженням з резидентом московського уряду, призначав на полковництво. Водночас, московський цар Петро І і його наступники вдавалися до прямого призначення відданих їм осіб і фаворитів на полковницькі уряди. Активно дана кадрова політика Московського царства була застосована до порубіжного з російськими землями Ніжинського козацького полку. Так, після смерті у травні 1718 р. Лук’яна Жураківського, ніжинське полковництво отримав росіянин Петро Петрович Толстой, який за влучним висловом історика О. Лазаревського, був одним з пташенят дворянства нової генерації Петра І. Станом на 1718 р. П. Толстой перебував у статусі фаворита та улюбленця Петра І, що зіграло головну роль у його політичній кар’єрі в Україні. Справа в тому, що батько Петра – Петро Олексійович Толстой був таємним радником Петра І. Призначення П.П. Толстого на ніжинське полковництво започаткувало політично продуману традицію московського уряду розміщувати на старшинських посадах російських дворян, тим самим перетворюючи їх на імперських управителів українськими провінціями держави Романових. Поряд з тим, намагаючись уникнути політичних виступів української старшини, Петро І вирішив породичати П. Толстого з гетьманським родом Скоропадських. Так, за наказом московського царя 12 жовтня 1718 р. дружиною новоспеченого ніжинського полковника стала 15-річна гетьманова дочка Уляна Скоропадська (1703-1733 р. ж. ). Діяльність московського графа на ніжинському полковництві розпочалася із зустрічі у 1720 р. у Ніжині руйнівника Батурина, князя Олександра Меншикова.

Призначення на ніжинське полковництво, вочевидь, було несподіванкою для молодшого Петра Толстого. Молодий росіянин навряд чи був готовий і мав необхідний хист до політичної і військової діяльності, до того ж в Україні. За влучним висловом відомого українського письменника Юрія Мушкетика: «Толстой-син не був надто жорстоким, злим, одначе був понурим, недовірливим, підступним. Він не знав нашого життя, наших порядків і знати їх не хотів, одначе гаразд знав, для чого настановлений, у чийому ридвані приїхав і куди той ридван має правувати. … чинив не подлуг права козацького, а подлуг царського веління всупереч тому праву».

Несприйняття нового ніжинського полковника місцевим козацтвом та міщанством пояснювалося ще й мовним бар’єром. П. Толстой був етнічним росіянином і не знав української мови, що створювало проблеми у його спілкуванні з ніжинською полковою старшиною та магістратом, веденні документації. З цього приводу Ю. Мушкетик зазначає, що будучи головою полкового суду Ніжинського козацького полку, П. Толстой своєю мовою дивував решту членів суду: «Промовляв Петро Толстой по-московському, деякі судді та писарі намагалися дзигоріти (розмовляти – Р.Ж.) з ним у лад, то штокали, то шокали, а що вже казати про козаків-підсудних, вони мало що розуміли й тільки здивовано витріщувалися».

Незважаючи на мовний бар’єр та тихий супротив, ніжинська полкова старшина змирилася зі своїм полковником – зятем гетьмана й не відзначилася активними діями. Ще доволі пам’ятною для ніжинців була кара за підтримку гетьмана І. Мазепи та зруйнування О. Меншиковим м. Батурина у листопаді 1708 року. За свідченнями О. Лазаревського, ніжинський полковник П.Толстой, реалізовуючи колоніальну політику Петра І на Ніжинщині, все ж неодноразово ставав на захист простого люду Ніжинського полку, що страждав від утисків місцевої старшини та монастирів.Зважаючи на статус фаворита російського імператора та будучи зятем гетьмана І. Скоропадського, П. Толстой зосередив у своїх руках значні земельні володіння на території Ніжинського козацького полку. Левову частину володінь полковника становили рангові села, що були надані гетьманом І. Скоропадським: Веркіївка, хутір Берестовець, Володькова Дівиця, Крупичполе, Вишнівка, Сваричівка, Максимівка, Рожнівка і Переводь. Дещо пізніше тесть подарував П. Толстому і сотенне містечко Ніжинського козацького полку Бахмач. Також, І. Скоропадський віддав на корить П. Толстого і тютюнову десятину з населення Ніжинського козацького полку, що раніше збиралася виключно на користь гетьмана.Завдячуючи своїм статусом та посадою російському імператору Петру І, П. Толстой ніколи не забував кому служить. Ніжинський полковник активно залучав підконтрольних йому козаків до низки загарбницьких війн Російської імперії проти сусідів. Так, у 1723 р. козаки Новомлинської сотні Ніжинського полку були залучені до Перського походу та будівництва Ладозького каналу, а козаки Коропської сотні – до Теркського походу. У наступному 1724 р. козакам Ніжинського полку було наказано долучитися до Гилянського та Дербентського походів Російської імперії. У 1725 р. сотні Ніжинського козацького полку перебували у Гилянському, Сулацькому і Низовому походах. Особливої уваги істориків у війні Росії проти Персії привертає Гилянський похід (територія сучасних Дагестану та Азербайджану – Р.Ж.), у ході якого загинула більшість його учасників, зокрема козаки Ніжинського полку. Загалом, військова активність Російської імперії за полковництва П. Толстого призвела до загибелі тисяч козаків Ніжинського полку.